ההיגיון השני – "על טבעה של הרוח האנושית, ועל כך שניתן להכירה ביתר קלות מאשר את הגוף"
הרצון האינסופי הוא למעשה החוליה המקשרת, שמעבירה אותנו להיגיון השני.
גילוי הקוגיטו – השד המתעתע חושף את האני החושב, את הקוגיטו. הקוגיטו הוא הדבר היחיד ששורד את השד המתעתע, והוא הנקודה הארכימדית לבניה מחדש של תמונת העולם. אם השד מתעתע, הוא מתעתע בי. תמיד יהיה סובייקט שמטיל את הספק, סובייקט שמתעתעים בו. האני החושב שורד את כל מתקפות הספק של דקארט. "הנני, אני קיים". לא מצאנו אובייקט חדש מחוצה לנו, אלא דווקא גילינו את עצמנו.
זהו מעבר מרובד אונטולוגי אחד לאחר. עוברים מרובד האובייקטים והמושאים, לרובד הקיום הטהור. "קיום" הוא לא פרדיקט שניתן להחיל על האני. הקיום מוטה מעכשיו בגוף ראשון, הוא נמדד לפי ערך האני. קצת כמו בעיית הפרדיקציה היוונית (לפני הפתרון האריסטוטלי), האני הוא קיים. אני קיים. קיים היא מילה שיכולה להיאמר כרגע רק על מה שמוטה בגוף ראשון, רק עלי.
"אני חושב משמע אני קיים" הוא נוסח מהמאמר על המתודה, והוא פחות מדויק. הוא מכיל היסק, צריך מודוס פוננס כדי להסיק ממנו את הקיום, ולכן הוא לא שלם כמו ההצהרה "אני קיים". התהליך של דקארט הוא לא דדוקציה, אלא בחינת מה שורד כל דה-קונסטרוקציה. האני, למרות הכרחיותו, הוא זמני וסופי.
עצם סופי – עצם מוגדר, אצל דקארט, כמשהו עצמאי, משהו שזקוק רק לעצמו כדי להיות קיים. ראינו שהאני עונה על הקריטריון הזה. דקארט מחדש כאן מושג סכולסטי, אך נותן לו פרשנות חדשה. לפי הסכולסטים, האל, העצם האינסופי, הוא העצם היחיד שקיים, זאת מכיוון שהעצם הוא דבר שקיים במלוא מובן המילה, וזה כולל את מימד הזמן. דקארט, בעזרת מושג הקוגיטו, מייסד את האני כעצם סופי נוסף לאל. דקארט יקרא בהמשך לעצם הסופי עצם נברא, שזה פרדוקסלי, כי אם הוא נברא הוא לא עצמאי.
מהו האני – האני הוא דבר חושב – res cogitans. למעשה, רק בשלב בו ביססנו את קיום האני מדבר דקארט על המחשבה. המחשבה היא תכונתו ההכרחית של האני.
המחשבה – כדרכו, דקארט מגדיר מחדש גם את מושג המחשבה. המושג מוגדר ע"י האני, העוגן שכבר היה לנו. כל מה שנאמר ביחס לאני נקרא מחשבה. אם בהיותי הולך, אני מתנסה באופן בלתי-אמצעי בזה שאני הולך, אז גם הליכה היא מחשבה. בהמשך מתרחבת ההגדרה – המחשבה היא כל מה שהאני חושב, והיא ודאית בהכרח. המחשבה היא הזירה הנפתחת עם גילוי האני, והאני עומד במרכזה. חיי האני במובן הרחב ביותר נקראים מחשבה אצל דקארט. גם את המחשבה השד המתעתע לא יכול לנצח – אם הוא גורם לי לחשוב דברים מוטעים, אני בכל זאת חושב.
חלוקה כמו-אריסטוטלית: האני הוא העצם, המחשבה היא התואר והפרדיקטים (לחוש וכו') הם האופנים בהם מתפרטת המחשבה.
היגיון שלישי – על האל, שהוא קיים:
קיומם של עצמים ומשל השעווה – משל השעווה: גם אם נמיס שעווה והיא תשתנה כמעט בכל התכונות שלה, עדיין נגיד שהיא אותו העצם. הדבר היחיד שמשנה לעצם הוא התפשטות (תפיסת מקום בחלל). הדברים בעולם הם העצמים המתפשטים. התואר שלהם הוא התפשטות, ויש להם אופנים משלהם, כגון "אדום".
אי אפשר לאפיין עצם על ידי אופני תואר המחשבה וגם על ידי אופני תואר ההתפשטות.
קיום של עצמים מתפשטים – קיום של דבר שאינו האני הוא, בשלב הזה, קיום אך ורק ביחס לדבר התופס אותו, ביחס לאני. קיים זה קיים בשבילי.
בעיית הסוליפסיזם – אז מה, יש רק את האני?
אינסופיות וסופיות – אין לדקארט את התפיסה הלוגית הפשוטה של סופי ואינסופי כניגודים (סופי = (אינסופי)), אלא הסופי כלול בתוך האינסופי, ולכן האינסופי קודם לסופי.
תורת הטעות – הרצון אינסופי => הרצון יותר גדול מהמחשבה => אנחנו מכילים את השיפוט שלנו על דברים שאיננו יודעים => אנחנו טועים. כמו שהסופי קודם לאינסופי, כך האמת קודמת לטעות.
אידאות – ניתן לומר כי הן ודאיות, כל עוד לא ייחסנו להן מקור חיצוני. שלושה סוגים:
- טבועות מלידה/אינהרנטיות: המושגים "אמת", "מחשבה" וכו'.
- אידאות חיצוניות: עצמים חיצוניים לי, רעש, שמש.
- אידאות מומצאות: נימפות, כימרות.
היררכיית הממשות – העצם לוקח חלק בממשות במידה גדולה יותר מאופניו. כך, האני לוקח חלק בממשות יותר מהמחשבה, ויותר מהחושים. זאת כיוון שהעצם אינו תלוי בדברים אחרים לצורך הגדרה.
ממשות אובייקטיבית וממשות פורמלית – עוד מונחים שדקארט ירש מהסכולסטיקה, ומתייחס אליהם באופן שאנחנו לא רגילים אליו. לגבי דבר ממשי, המשמעות שלו היא פורמלית בלבד.